Embora a nova taxonomia dos microrganismos tenha trazido algumas reclamações inicialmente, o doutor Bruno Pot – que participou da mudança – acredita que, depois de quatro anos, os cientistas começam a perceber os benefícios. Dentre eles está o fato de que a taxonomia futura será mais transparente. Um dos desafios dos cientistas foi a divisão do gênero Lactobacillus, que já tinha mais de 260 espécies descritas. “Como consequência, vimos muitos erros na taxonomia como, por exemplo, a mesma espécie recebendo dois nomes diferentes. A nova situação, com 23 novos gêneros, reduz tremendamente esse problema”, assegura.
A nova taxonomia também representa diferenças biológicas reais. Assim, onde antes muitos microrganismos que produziam ácido lático foram incluídos em um grande gênero Lactobacillus, agora há uma situação em que o nome do gênero também representa características biológicas ou ecológicas mais fundamentais dos organismos incluídos. Para o diretor, a identificação, portanto, também se torna mais fácil. “A semelhança de toda a sequência do genoma medida pela identidade média de nucleotídeos (ANI, na sigla em inglês), a comparação de sequências completas de rRNA 16S ou sequências de genes do genoma central (técnicas através das quais a nova taxonomia foi construída) permitem uma atribuição mais robusta de novas espécies aos respectivos novos gêneros”, argumenta.
No nível da pesquisa, entre as vantagens está o fato de que os lactobacilos estão agora mais agrupados com base em sua adaptação ao hospedeiro, como o fato de poderem fermentar um amplo espectro de carboidratos. A nova taxonomia também reflete uma melhor separação entre bactérias láticas homofermentativas e heterofermentativas, refletindo diferentes adaptações biológicas. “Nos habitats intestinais, os lactobacilos geralmente estão associados à heterofermentação. Isso significa que, além do ácido lático, outros metabólitos podem ser formados a partir de açúcares. Essa heterofermentação pode ser baseada na evolução de longo prazo em biofilmes e ecossistemas complexos, como o intestino”, detalha. Além disso, a coevolução também se reflete no tamanho do genoma. Lactobacillus iners, por exemplo, têm o menor tamanho de genoma entre todos os lactobacilos, o que reflete sua adaptação estrita à vagina humana.
“Em geral, vemos que as espécies associadas a um hospedeiro têm um tamanho de genoma reduzido, pois precisam de menos genes uma vez que coexistem e trocam com muitos outros microrganismos no complexo ecossistema do intestino. Isso ilustra claramente a coevolução de milhões de anos do hospedeiro e suas bactérias”, relata. Em contraste, as espécies de lactobacilos frequentemente encontradas em laticínios e outros alimentos fermentados têm um genoma ligeiramente maior, pois precisam de mais genes para estarem bem equipados para lidar com as mudanças nas condições ambientais. A nova taxonomia já foi incluída no Banco de Dados de Taxonomia Baseada no Genoma, que é usado por pesquisadores de todo o mundo.
